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手机短信设置拦截对方是否知道取决于你设置的拦截方式。一般来说，大多数手机短信拦截功能是在手机本地进行设置的，对方不会知道你的短信被拦截。不过，如果你使用的是第三方软件或服务提供商提供的拦截服务，他们可能会有相关的日志或记录，但这通常涉及隐私保护，不会透露给非相关人员。
关于如何设置短信拦截，不同手机品牌和操作系统可能会有所不同，以下是一些常见的设置方法：
1、打开手机“设置”应用。
2、找到并点击“信息”或“短信”选项。
3、在该界面中找到“骚扰拦截”或类似的选项。
4、根据自己的需求，选择相应的拦截规则，可以拦截陌生号码、关键词、黑名单等。
5、开启相关功能并保存设置。
仅为大致步骤，具体操作可能会因手机品牌和操作系统版本而异，建议根据自己的手机型号和操作系统版本查找详细的设置方法，为了保护个人隐私，使用第三方软件时请确保其安全性并谨慎授权。